基于多重PCR-LDR技术建立近交系大鼠单核苷酸多态性遗传检测方案
2023.11.16目的 建立一套基于多重PCR-连接酶检测反应 （ligase detection reaction，LDR） 技术的近交系大鼠单核 苷酸多态性 （single nucleotide polymorphisms，SNP） 检测方案。
方法 在5个品系的SPF级近交系大鼠1～20号 常染色体和X染色体上共选取40个大鼠SNP位点，将SNP位点随机分为4组，构建基于多重PCR-LDR技术的近交 系大鼠4组SNP位点基因检测方案。采用本方案检测国内另两家大鼠供应商的9个常用大鼠品系。最后，通过第三 方实验室对不同DNA聚合酶的扩增效果进行比对，验证本方案的可行性。
结果 用所构建的近交系大鼠SNP遗传 检测方案测试5个大鼠品系时，各样本的所有位点均得到了良好的扩增结果。采用本方案检测国内另两家大鼠供应 商的9个常用大鼠品系时也得到了良好的扩增结果，40个SNP位点在每个近交系大鼠中均为纯合。用3种来源不同 的 DNA 聚合酶同时检测相同大鼠 DNA 样本的结果显示，Multiplex PCR Kit、AmpliTaq Gold™ 360 DNA 聚合酶、 PlatinumⅡ Taq热启动DNA聚合酶在第1～3组SNP位点均有扩增产物的电泳峰，其中PlatinumⅡ Taq热启动DNA 聚合酶在第4组SNP位点中少了一个扩增产物的电泳峰。另外，不同实验室间的比对结果显示，相同扩增体系的 检测结果一致。
结论 基于多重PCR-LDR技术成功建立了一套覆盖所有常染色体与X染色体的大鼠SNP检测方案， 该方法的稳定性和重复性俱佳。
