SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构比较分析
2023.07.17目的 使用高通量测序技术分析SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构与丰度。
方法 收集30只SPF级 雄性SD大鼠的回肠及结肠腔内容物，提取内容物中细菌总DNA并进行PCR扩增。使用Ilumina NovaSeq测序平台 对样本中细菌16S rRNA的V3-V4区进行测序。然后基于有效数据在门、属水平上分析肠道菌群的物种结构和丰度， 采用QIIME软件 （扩增子） 分析工具分析回肠和结肠菌群的多样性及差异，同时应用Tax4Fun程序预测回肠及结肠 菌群的优势基因富集通路。
结果 在门水平上，雄性SD大鼠回肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门 （Firmicutes） 和放线菌门 （Actinobacteria），占比超过98%；结肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门 （Firmicutes） 和拟杆菌门 （Bacteroidetes），占比超过95%。在属水平上，回肠以乳酸杆菌属 （Lactobacillus） 和另枝菌属 （Alistipes） 为主 要优势菌群，结肠以乳酸杆菌属 （Lactobacillus） 及罗姆布茨菌属 （Romboutsia） 为优势菌群。在菌群多样性方 面，结肠菌群的α多样性包括丰富度指数 （Chao1指数） 及多样性指数 （香农指数Shannon index） 都显著高于回 肠 （P＜0.01），其 菌 群 物 种 的 组 成 结 构 差 异 性 比 回 肠 小；回 肠 菌 群 结 构 差 异 性 显 著 的 主 要 是 厚 壁 菌 门 （Firmicutes）、罗姆布茨菌属 （Romboutsia） 和消化链球菌科 （Peptostreptococcaceae），而结肠菌群结构差异 性显著的是拟杆菌门 （Bacteroidetes）、拟杆菌纲 （Bacteroidia） 和拟杆菌目 （Bacteroidales）。在菌群功能方面， 回肠菌群优势基因显著富集于类脂物代谢、多酮代谢、膜运输、生物降解等通路，而结肠菌群优势基因显著富集于 甘聚糖生物合成代谢、能量代谢、辅助因子和维生素及其他产物的生物合成等通路。
结论 SPF级雄性SD大鼠回 肠与结肠菌群在结构与丰度上存在显著差异，结肠菌群的丰富度及多样性高于回肠。
